대학원 신학과정은 4년제 정규대학을 졸업한 학사학위 소지자들을 3년 동안의 신학교육과 경건훈련을 통해 교회와 사회의 다양한 삶의 현장속에서 일할 주님의 일군들을 양성하는 과정이다.
이 과정에서는 본교단의 교역자로서 필요한 구약학, 신약학, 역사신학, 조직신학, 기독교와 문화, 실천신학, 선교학, 기독교교육학등 신학전문분야에 걸친 기초적이고 폭 넓은 지식을 습득할 뿐 아니라 실천적 훈련을 받으며, 이 과정을 이수한 사람에게는 교역학석사(M.Div.) 학위가 수여된다.